Plusieurs ports ont été aménagés à intervalles réguliers le long du parcours du canal afin de pouvoir charger et décharger les marchandises mais aussi pour assurer les haltes des voyageurs
- De Toulouse au Site Negra
- Du site Negra à Villepinte
- De Villepinte à Trèbes
- De Trèbes à Homps
- De Homps à Argeliers
- De Argeliers à Portiragnes
- De Portiragnes à Frontignan
- De Frontignan à Aigues Mortes
